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Les principaux habitats d'intérêt communautaire de la zone sont : Les prés-salés continentaux (habitats prioritaires) avec en particulier des prés-salés estuariens et de fond d'anse (Terenez) ; le Cochleario anglicae-Plantaginetum maritimae et le Cochleario anglicae-Frankenietum laevis sont deux communautés de schorre synendémiques ouest bretonnes. Les récifs et les fonds marins de faible profondeur abritent une faune et une flore d'une grande richesse répertoriée depuis plus d'un siècle par la station biologique de Roscoff (ex : plateau de la Méloine ; herbiers de Zostera marina à l'ouest et à l'est de l'île Callot ; bancs de maërl au nord-ouest de l'île Callot). L'estran sablo-vaseux (1140) dépourvu de végétation joue un rôle majeur comme site de gagnage pour l'avifaune migratrice. Sur les plateaux qui bordent la baie et les estuaires, des secteurs de lande littorale sèche accueillent une flore remarquable (ex : Centaurium scilloides). L'ensemble de la baie (îlots, vasières) constitue un site de valeur internationnale pour l'avifaune migratrice, notamment pour la reproduction des sternes (espèces de l'annexe I de la directive 79/409/CEE "Oiseaux" - plus importante colonie plurispécifique de Bretagne), le stationnement hivernal de la Barge rousse (espèce de l'annexe I de la directive 79/409/CEE "Oiseaux"), du Tournepierre à collier, la reproduction et l'hivernage de l'Huitrier pie et du Grand Gravelot. Pour ces deux dernières espèces, la Bretagne accueille environ 80% des effectifs nicheurs français.
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| Baie de Morlaix et coteaux maritimes attenants comprenant archipels, estrans rocheux et rias encaissées dans un complexe de schistes zébrés (Penzé) et de poudingues (Dourduff). |
| Composition du site : |
| Rivières et Estuaires soumis à la marée, Vasières et bancs de sable, Lagunes (incluant les bassins de production de sel) |
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41 % |
| Mer, Bras de Mer |
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27 % |
| Galets, Falaises maritimes, Ilots |
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11 % |
| Landes, Broussailles, Recrus, Maquis et Garrigues, Phrygana |
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8 % |
| Forêts caducifoliées |
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4 % |
| Marais salants, Prés salés, Steppes salées |
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3 % |
| Prairies ameliorées |
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3 % |
| Prairies semi-naturelles humides, Prairies mésophiles améliorées |
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1 % |
| Rochers intérieurs, Eboulis rocheux, Dunes intérieures, Neige ou glace permanente |
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1 % |
| Forêts de résineux |
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1 % |
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