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Présence de colonies nicheuses de Sternes naine et pierregarin et de Mouette mélanocéphale. Ces colonies se déplacent d'année en année en raison du changement de physionomie des îlots (dynamique fluviale, végétalisation). Reproduction du Bihoreau gris. Reproduction également de l'Aigrette garzette, de la Bondrée apivore, du Milan noir, de l'Oedicnème criard, du Martin-pêcheur, du Pic noir, de la Pie-grièche écorcheur. Colonies importantes de Mouettes rieuses et d'Hirondelles de rivage. Le site présente aussi un intérêt en période migratoire.
Les milieux ligériens sont particulièrement intéressants : vastes pelouses sur sable décalcifié des bras annexes, mares, forêts alluviales (pour la plupart en excellent état).
On peut distinguer trois unités :
- de Mosnes à Rochecorbon, la Loire est associée à des forêts alluviales et à l'ormaie qui subsistent en stations souvent remarquable.
- de Rochecorbon à Cinq-Mars-La-Pile, le cours conserve à peu près les mêmes caractères, avec toutefois une extension des surfaces occupées par le Chenopodion et le Nanocyperion. Cette section est la seule du département a montrer des indices de présence de la Loutre.
- à l'aval de Cinq-Mars-La-Pile, avec les confluences du Cher et de la Vienne, le cours se diversifie de manière considérable.
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A l'amont de la confluence avec le Cher, le lit conserve des caractères de la partie amont. On note toutefois l'apparition de falaises calcaires favorisant la présence d'habitats rupicoles.
Après la confluence avec le Cher et surtout avec la Vienne, le lit mineur se diversifie avec la présence de grandes îles et d'un val plus ample et localement bocager.
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| Composition du site : |
| Eaux douces intérieures (Eaux stagnantes, Eaux courantes) |
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43 % |
| Forêts caducifoliées |
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15 % |
| Pelouses sèches, Steppes |
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7 % |
| Landes, Broussailles, Recrus, Maquis et Garrigues, Phrygana |
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6 % |
| Prairies semi-naturelles humides, Prairies mésophiles améliorées |
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6 % |
| Dunes, Plages de sables, Machair |
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5 % |
| Marais (vegetation de ceinture), Bas-marais, Tourbières, |
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5 % |
| Galets, Falaises maritimes, Ilots |
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4 % |
| Forêt artificielle en monoculture (ex: Plantations de peupliers ou d'Arbres exotiques) |
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3 % |
| Rochers intérieurs, Eboulis rocheux, Dunes intérieures, Neige ou glace permanente |
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2 % |
| Autres terres (incluant les Zones urbanisées et industrielles, Routes, Décharges, Mines) |
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2 % |
| Prairies ameliorées |
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1 % |
| Autres terres arables |
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1 % |
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10 km 
Appelation :
Région :
